Ο στόχος του γρίφου είναι να συμπληρωθεί ένα πλέγμα με ψηφία, από το 1 έως το 4 για ένα πλέγμα 4×4, από το 1 έως το 5 για ένα 5×5, κ.λπ., όπως στο Sudoku, έτσι ώστε κανένα ψηφίο να μην εμφανίζεται περισσότερο από μία φορά σε οποιαδήποτε σειρά ή στήλη. Επιπλέον, τα πλέγματα Mathdoku χωρίζονται σε έντονα περιγραμμένες ομάδες κελιών και οι αριθμοί στα κελιά κάθε "κλουβιού" πρέπει να παράγουν έναν συγκεκριμένο αριθμό "στόχο" όταν συνδυάζονται χρησιμοποιώντας μια καθορισμένη μαθηματική πράξη (είτε πρόσθεση, αφαίρεση, πολλαπλασιασμός ή διαίρεση).