Το Desktop Tower Defense παίζεται σε έναν χάρτη που μοιάζει με επιφάνεια εργασίας γραφείου. Ο παίκτης πρέπει να σταματήσει έναν καθορισμένο αριθμό εχθρών, γνωστοί στο είδος ως "creeps", από το να φτάσουν σε ένα καθορισμένο σημείο στο πεδίο παιχνιδιού. Αυτό επιτυγχάνεται χτίζοντας και αναβαθμίζοντας πύργους που πυροβολούν, προκαλούν ζημιά και σκοτώνουν τους εχθρούς (creeps) πριν αυτοί μπορέσουν να φτάσουν στον στόχο τους. Σε αντίθεση με πολλά άλλα παιχνίδια tower defense, η διαδρομή των ίδιων των creeps δεν είναι προκαθορισμένη· αντιθέτως, οι χτισμένοι πύργοι καθορίζουν τη διαδρομή των creeps, οι οποίοι ακολουθούν την πιο σύντομη διαδρομή που μπορούν να βρουν προς την έξοδο. Το παιχνίδι δεν επιτρέπει στον παίκτη να κάνει μια έξοδο εντελώς απρόσιτη, αλλά οι βασικές στρατηγικές περιστρέφονται γύρω από την καθοδήγηση των creeps σε μακροσκελείς, ελικοειδείς διαδρόμους.